Un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo-3, et s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées “Anges” apparurent, semant la terreur et la destruction. Pour repousser ces attaques, la Nerv a fait appel à Shinji pour piloter le robot de combat EVA-01 en remplacement de Rei, blessée. La jeune fille se rétablit petit à petit, ce qui lui permet de faire plus ample connaissance avec Shinji. Comment se fait-il qu'ils soient les deux seuls capables de piloter les EVA ? Quel point commun les unit ? Peut-être le découvriront-ils quand ils devront additionner leurs forces au combat...?